MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 megaplasmid

Total Repeats: 836

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_015851	TTTTA	2	10	171850	171859	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
502	NC_015851	CTT	2	6	171897	171902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
503	NC_015851	GATC	2	8	171943	171950	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
504	NC_015851	GGAC	2	8	171997	172004	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
505	NC_015851	CCT	2	6	172042	172047	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
506	NC_015851	CTA	2	6	172071	172076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
507	NC_015851	GCT	2	6	172096	172101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
508	NC_015851	CTC	2	6	172196	172201	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
509	NC_015851	T	6	6	172202	172207	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
510	NC_015851	TGA	2	6	172246	172251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
511	NC_015851	GC	3	6	172633	172638	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
512	NC_015851	TGG	2	6	174775	174780	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
513	NC_015851	CGA	2	6	174808	174813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
514	NC_015851	ACC	2	6	174815	174820	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
515	NC_015851	GA	3	6	174868	174873	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
516	NC_015851	AAG	2	6	175534	175539	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
517	NC_015851	GTA	2	6	176318	176323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
518	NC_015851	CTG	2	6	176935	176940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
519	NC_015851	TGA	2	6	176945	176950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
520	NC_015851	CTT	2	6	177000	177005	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
521	NC_015851	TGT	2	6	177032	177037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
522	NC_015851	CTGC	2	8	177054	177061	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
523	NC_015851	TCC	2	6	178139	178144	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
524	NC_015851	GCC	2	6	178323	178328	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
525	NC_015851	GC	3	6	178391	178396	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
526	NC_015851	CGTG	2	8	178903	178910	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
527	NC_015851	GAA	2	6	179593	179598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
528	NC_015851	GAC	2	6	179609	179614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
529	NC_015851	CCT	2	6	181676	181681	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
530	NC_015851	G	6	6	181691	181696	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
531	NC_015851	TTC	2	6	181701	181706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
532	NC_015851	TCCC	2	8	182402	182409	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
533	NC_015851	CG	3	6	182434	182439	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
534	NC_015851	CTTC	2	8	182448	182455	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
535	NC_015851	CCA	2	6	182482	182487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
536	NC_015851	TTC	2	6	182635	182640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
537	NC_015851	C	6	6	182648	182653	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
538	NC_015851	CATC	2	8	182972	182979	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
539	NC_015851	GTG	3	9	183735	183743	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
540	NC_015851	CCG	2	6	183894	183899	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
541	NC_015851	GTG	2	6	184424	184429	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
542	NC_015851	TGGG	2	8	184433	184440	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
543	NC_015851	T	6	6	184512	184517	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
544	NC_015851	GAC	2	6	184522	184527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
545	NC_015851	TGG	2	6	184552	184557	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
546	NC_015851	CGA	2	6	184659	184664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
547	NC_015851	TCC	2	6	184686	184691	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
548	NC_015851	CTTC	2	8	184708	184715	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
549	NC_015851	AGC	2	6	184968	184973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
550	NC_015851	TGA	2	6	185042	185047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
551	NC_015851	TCC	2	6	185064	185069	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
552	NC_015851	AGGC	2	8	185079	185086	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
553	NC_015851	TGCCT	2	10	185090	185099	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
554	NC_015851	CAA	2	6	185909	185914	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
555	NC_015851	A	7	7	186394	186400	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
556	NC_015851	TGGTA	2	10	189144	189153	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
557	NC_015851	TGT	2	6	190203	190208	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
558	NC_015851	AG	3	6	190247	190252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
559	NC_015851	CGG	2	6	190289	190294	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
560	NC_015851	GATG	2	8	190323	190330	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
561	NC_015851	CTT	2	6	190907	190912	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
562	NC_015851	GCAT	2	8	191765	191772	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
563	NC_015851	ATT	2	6	191782	191787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
564	NC_015851	GGT	2	6	192998	193003	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
565	NC_015851	GAA	2	6	194094	194099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
566	NC_015851	TGA	2	6	195300	195305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
567	NC_015851	CAG	2	6	195334	195339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
568	NC_015851	CGA	2	6	195451	195456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
569	NC_015851	ATC	2	6	195472	195477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
570	NC_015851	CGA	2	6	195543	195548	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
571	NC_015851	GGC	2	6	195616	195621	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
572	NC_015851	A	6	6	196741	196746	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
573	NC_015851	ACA	2	6	196751	196756	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
574	NC_015851	TTC	2	6	196803	196808	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
575	NC_015851	TCGC	2	8	196857	196864	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
576	NC_015851	TGT	2	6	196870	196875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
577	NC_015851	GT	3	6	196874	196879	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
578	NC_015851	GTT	2	6	196896	196901	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
579	NC_015851	ATCCG	2	10	196915	196924	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
580	NC_015851	AGG	2	6	196964	196969	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
581	NC_015851	CAA	2	6	196970	196975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
582	NC_015851	TGCG	2	8	197027	197034	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
583	NC_015851	GTG	2	6	197123	197128	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
584	NC_015851	GGCGGT	2	12	199216	199227	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
585	NC_015851	CCAA	2	8	199278	199285	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
586	NC_015851	CGC	2	6	199290	199295	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
587	NC_015851	GC	4	8	199345	199352	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
588	NC_015851	TC	4	8	199355	199362	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
589	NC_015851	GA	3	6	199366	199371	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
590	NC_015851	CCG	2	6	199464	199469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
591	NC_015851	CGT	2	6	199643	199648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
592	NC_015851	AAC	2	6	199669	199674	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
593	NC_015851	AGCG	2	8	199699	199706	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
594	NC_015851	GTG	2	6	199737	199742	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
595	NC_015851	GCA	2	6	199743	199748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
596	NC_015851	CAA	2	6	199771	199776	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
597	NC_015851	GTA	2	6	199865	199870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
598	NC_015851	CGA	2	6	199872	199877	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
599	NC_015851	GAG	2	6	199893	199898	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
600	NC_015851	CAA	2	6	199926	199931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
601	NC_015851	GGC	2	6	199976	199981	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
602	NC_015851	GC	3	6	201355	201360	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
603	NC_015851	GCT	2	6	201437	201442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
604	NC_015851	C	6	6	201459	201464	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
605	NC_015851	TGTA	2	8	204187	204194	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
606	NC_015851	AGA	2	6	205211	205216	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
607	NC_015851	CGA	2	6	205249	205254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
608	NC_015851	GAACC	2	10	206744	206753	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
609	NC_015851	GAA	2	6	208062	208067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
610	NC_015851	GCG	2	6	208133	208138	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
611	NC_015851	TC	4	8	208162	208169	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
612	NC_015851	A	6	6	208208	208213	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
613	NC_015851	T	6	6	208248	208253	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
614	NC_015851	CTT	2	6	208283	208288	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
615	NC_015851	CAA	2	6	208299	208304	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
616	NC_015851	GAA	2	6	208440	208445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
617	NC_015851	GGA	2	6	208446	208451	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
618	NC_015851	TGT	2	6	208454	208459	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
619	NC_015851	TTA	2	6	208520	208525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
620	NC_015851	GAG	2	6	208569	208574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
621	NC_015851	GTC	2	6	208671	208676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
622	NC_015851	TAA	2	6	208684	208689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
623	NC_015851	TTG	2	6	208797	208802	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
624	NC_015851	GGA	2	6	208808	208813	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
625	NC_015851	GC	3	6	208835	208840	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
626	NC_015851	GTG	2	6	208856	208861	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
627	NC_015851	GAG	2	6	208885	208890	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
628	NC_015851	ACCC	2	8	210292	210299	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
629	NC_015851	AC	3	6	210371	210376	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
630	NC_015851	CCA	2	6	210416	210421	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
631	NC_015851	ACA	2	6	210473	210478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
632	NC_015851	GAA	2	6	211816	211821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
633	NC_015851	AAT	2	6	214176	214181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
634	NC_015851	T	7	7	214201	214207	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
635	NC_015851	TTC	2	6	214247	214252	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
636	NC_015851	GCG	2	6	214261	214266	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
637	NC_015851	AAT	2	6	214280	214285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
638	NC_015851	G	7	7	214327	214333	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
639	NC_015851	T	6	6	214360	214365	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
640	NC_015851	GAC	3	9	214370	214378	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
641	NC_015851	AGGCA	2	10	215049	215058	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
642	NC_015851	TGCC	2	8	215061	215068	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
643	NC_015851	GAG	2	6	215077	215082	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
644	NC_015851	TCA	2	6	215101	215106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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647	NC_015851	GGA	2	6	215431	215436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
648	NC_015851	CAGGGC	2	12	215458	215469	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
649	NC_015851	GT	3	6	215497	215502	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
650	NC_015851	TTC	2	6	215509	215514	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
651	NC_015851	GCGG	2	8	215821	215828	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
652	NC_015851	GGCGGT	2	12	218741	218752	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
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654	NC_015851	CGC	2	6	218815	218820	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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657	NC_015851	GA	3	6	218891	218896	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
658	NC_015851	A	6	6	219523	219528	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
659	NC_015851	ACA	2	6	219533	219538	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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661	NC_015851	TTC	2	6	219585	219590	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
662	NC_015851	CTC	2	6	221044	221049	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
663	NC_015851	G	6	6	221107	221112	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
664	NC_015851	A	6	6	221117	221122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
665	NC_015851	GAG	2	6	221149	221154	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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667	NC_015851	TGG	2	6	221239	221244	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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672	NC_015851	GTT	2	6	221550	221555	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
673	NC_015851	TCT	2	6	221559	221564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
674	NC_015851	CCGC	2	8	221586	221593	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
675	NC_015851	GGC	2	6	221607	221612	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
676	NC_015851	TCC	2	6	221618	221623	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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680	NC_015851	TTGG	2	8	222026	222033	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
681	NC_015851	GGA	2	6	222552	222557	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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686	NC_015851	CTG	2	6	223451	223456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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688	NC_015851	CTG	2	6	223498	223503	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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693	NC_015851	CTG	2	6	223682	223687	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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